В 5 в. до н. э. греческим городам-государствам пришлось защищать свою независимость в ожесточённой борьбе с могущественной Персидской державой. Возникла потребность в объединении с целью получения общей мощи. Центрами объединения в этих условиях выступили два наиболее сильных полиса Древней Греции: Афины и Спарта, между которыми в дальнейшем разворачивается серьёзное противостояние.
Начало конфликта между Афинами и Спартой относится к периоду греко-персидских войн (500-449 гг. до н. э.) В 481 г. до н. э. против персов был заключён союз 31 полиса Балканской Греции, основу которого составляли Афины, Спарта и Коринф. Однако после первых побед между союзниками возникают противоречия относительно дальнейшего характера ведения боевых действий. Морская держава Афины планировали освобождение малоазийских греческих городов, находившихся под властью Персии. Спарта же полагалась на сухопутные войска и была решительно настроена против дальних морских походов и покинула союз.
Обострение противоречий привело к первым военным столкновениям между Спартой и Афинами при Танагре и Энофитах в 477 г. до н. э., и так называемой Малой Пелопонесской войне (457-446 гг. до н. э.), закончившейся тридцатилетним миром.
В дальнейшем основным центром борьбы с Персией становятся Афины. В 431 г. до н. э. между Афинским и Пелопонесским союзами начинается Пелопонесская война (431-404 гг. до н. э.) Её называют одной из самых кровопролитных войн в истории Древнегреческого государства. Силы противников были примерно равны, но Афины получают несколько весомых ударов, основными из которых можно считать неудачный Сицилийский поход, в котором государство понесло огромные материальные и людские потери; крупную материальную помощь, которую оказывает Спарте Персия. В результате этого война завершилась победой Пелопонесского союза.
В 404 г. до н. э. Афины капитулировали и вынужденно приняли тяжёлые условия мира. Афинский морской союз прекращал своё существование, а Афины включались в состав Пелопонесского союза.
В 338 г. до н. э. в результате острых внутренних противоречий среди союзников был распущен Второй Афинский морской союз. Перестаёт существовать последнее крупное политическое объединение греческих полисов. Истощённая междоусобными войнами Древняя Греция была с лёгкостью завоёвана во второй половине 4 в. до н. э. Македонией.
Уже в период Пелопонесской войны греческая цивилизация вступает в полосу кризиса, выразившегося в общем упадке полисной системы организации и взаимоотношений общества. Обернувшаяся для Греции огромными материальными и человеческими потерями война лишь усугубила это положение.
С конца 5 в. до н. э. политическая история Древней Греции неразрывно связана с Македонским царством. В то время оно представляло собой молодое государство, которое располагалось на севере Балканского полуострова. В результате реформ царя Филиппа 2 (359-336 гг. до н. э.) Македония становится в один ряд с сильнейшими военными державами своего времени и начинает активно вмешиваться во внутренние дела Греции. Военный поход против Персии, начавшийся в 334 г. до н. э., был возглавлен сыном Филиппа 2 Александром Македонским, за два года до этого сменившим своего отца на престоле. В результате завоеваний Александра Македонского была создана огромная империя, в состав которой входили Македония, полисы Балканской Греции и островов Эгейского моря, территории бывшей Персидской державы и часть северо-западной Индии.
После смерти Александра в 323 г. до н. э. созданная им империя распалась на несколько крупных частей.